В биогеоценозе осуществляется круговорот вещества и энергии на занимаемой им территории. Зеленые растения, используя солнечную энергию и потребляя необходимые питательные вещества, создают биомассу, в процессе фотосинтеза и дыхания поддерживают баланс кислорода и углекислого газа в воздухе, а благодаря транспирации участвуют в круговороте воды.
За счет биомассы, синтезированной аутотрофными организмами, существуют гетеротрофы. Отмершие организмы и их части служат пищей животным-сапрофитам и микроорганизмам (грибам, бактериям), минерализирующим их. С их деятельностью связана биогенная миграция азота, фосфора, калия, кальция и других элементов, попадающих в почву и используемых из нее растениями.
Между всеми компонентами биоценоза устанавливается определенное динамическое равновесие. Увеличение численности какого-либо вида организмов приводит к массовому размножению «потребителей». Так, массовое размножение грызунов приводит к увеличению численности хищников и паразитов. Они сокращают численность популяции грызунов. Но вслед за этим сокращается и численность хищников, так как они начинают погибать от голода, т.е. динамическое равновесие в биогеоценозе восстанавливается.
В связи с тем, что агроценозы включают в себя небольшое число видов, саморегуляция в них осуществляется слабо. Это требует активной заботы о них со стороны человека.
Для борьбы с сорняками и вредителями применяют химические средства защиты (гербициды, инсектициды). Однако химикаты влияют не только на сорняки и вредителей, но и на другие растения и животных. Не безразличны они и для здоровья человека.
Интенсивная обработка почвы приводит к разрушению ее структуры. В природных биогеоценозах отмершие организмы разлагаются на месте, а минеральные и органические вещества, входящие в их состав, возвращаются в почву. В агроценозах урожай убирается, почва обедняется. Для ее обогащения используются удобрения, не всегда безразличные для окружающей среды.
Например, вымываемые атмосферными водами удобрения попадают в открытые водоемы, способствуют интенсивному развитию синезеленых водорослей, а в дальнейшем массовая гибель и разложение этих водорослей делают этот водоем отравленным, непригодным для существования других организмов.
Для предотвращения нежелательных последствий хозяйственной деятельности разработан ряд мероприятий: соблюдение севооборотов, выращивание многолетних кормовых трав, применение безотвальной вспашки, выведение сортов, устойчивых к вредителям и болезням, применение биологических средств борьбы с вредителями, сорняками. Комплексное использование этих средств гарантирует высокие урожаи без нанесения ущерба окружающей среде.