В связи с выполнением дополнительных функций побег претерпевает различные видоизменения — метаморфозы, такие как:
- Усики — длинные тонкие побеги с редуцированными листьями. Они закрепляют лазящие и ползучие стебли (виноград, огурец);
- колючки — укороченные побеги без листьев, защищающие растение от поедания животными (боярышник, дикая яблоня).
Усики и колючки — надземные видоизменения стебля. Они располагаются в пазухах листьев либо на листовом узле супротивно листу, что служит доказательством их стеблевого происхождения.
Кроме надземных видоизменений у растений образуются в толще почвы подземные: корневища, клубни, луковицы, выполняющие функции накопления питательных веществ и вегетативного размножения.
Корневище — подземный побег с буроватыми чешуевидными листьями и почками. Корневище внешне похоже на корень, но отличается наличием рудиментов листьев, боковых и верхушечных почек и отсутствием корневого чехлика.
По форме может быть длинным и тонким (пырей, осока) либо коротким и толстым (щавель, ирисы). Ежегодно из верхушечной почки вырастает надземный побег. При обработке почвы корневище может быть повреждено или разделено на части, тогда каждый кусочек с почкой дает новое растение. Особенно быстро происходит вегетативное размножение у растений с ветвящимся корневищем (пырей).
Клубень — сильно утолщенная верхушка подземного стебля — столона. Наиболее известны клубни картофеля. Об их стеблевом происхождении свидетельствует наличие почек-глазков и их спиральное расположение. Клубни могут быть и надземные: утолщенный стебель капусты кольраби.
Луковица — очень укороченный подземный побег с видоизмененными листьями. Форма луковиц различна: шаровидная, яйцевидная, грушевидная и т.д. Стеблевая часть луковицы занимает небольшую зону и называется донцем. На нижней поверхности донца расположены многочисленные придаточные корни. На верхней — тесно сближенные сочные мясистые чешуи с запасом питательных веществ. Наружные сухие чешуи выполняют защитную функцию. В пазухах некоторых сочных чешуй находятся почки, из которых могут развиваться либо дочерние луковицы, либо надземные зеленые листья и цветоносные «стрелки».
Луковицы формируются у многих лилейных растений: лука, лилии, тюльпана и др. У некоторых лилейных могут быть надземные луковицы. Обычно они образуются в соцветиях (у дикого лука, чеснока), но могут быть и в пазухах листьев.